Kariera Badury-Skody rozpoczęła się w 1949 roku, kiedy to otrzymał angaż na koncerty w Wiedniu od Herberta von Karajana i Wilhelma Furtwänglera. W następnym roku zadebiutował na Festiwalu w Salzburgu. Od tego czasu koncertuje na całym świecie i jest prawdopodobnie jedynym pianistą, który nagrał wszystkie sonaty Mozarta, Beethovena i Schuberta więcej niż jeden raz, zarówno na historycznym, jak i nowoczesnym fortepianie, a także wykonał te cykle publicznie. "Chodzi o znalezienie linii kontaktu z publicznością i przekazanie idei muzycznej".

Badura-Skoda przestudiował setki facsimile i oryginalnych wydań, których posiada obszerne archiwum. Jego badania zainspirowały liczne wydania Urtext, eseje i książki na temat interpretacji Bacha i Mozarta. Jego zainteresowanie muzykologią pojawiło się już w młodości: "Wcześnie chciałem dowiedzieć się, co kryje się za nutami i jak skonstruowany jest utwór muzyczny. Dlatego nauczyłem się podstaw kompozycji i harmonii, zanim jeszcze zdecydowałem się na karierę pianisty - pierwotnie chciałem zostać inżynierem".

Jest związany z firmą Bösendorfer od wielu lat, na fortepianie Bösendorfer grał już jako dziecko. "To, co lubię w Bösendorferze, to śpiewne brzmienie, a także wyrównanie wszystkich rejestrów. Równowaga między pogłosem, a atakiem jest wyjątkowa". Paul Badura-Skoda jest posiadaczem Bösendorfer Ring od 1978 roku, wyróżnienia przyznawanego wcześniej tylko jednej osobie, a mianowicie Wilhelmowi Backhausowi. Bösendorfer przyznaje pierścień wybranym pianistom, którzy ucieleśniają tradycję wiedeńskiego muzykowania.