Музыкальная карьера Бадуры-Скоды началась в 1949 году, когда он получил приглашение поучаствовать в концерте Вильгельма Фуртвенглера и Герберта Караяна, который проходил в Вене. Через год он дебютировал на Зальцбургском фестивале. С тех пор он ездил с концертами по всему миру. Пауль Бадура-Скода, вероятно, является единственным пианистом в мире, который несколько раз записал на компакт-диск все сонаты Моцарта, Бетховена и Шуберта в исполнении как на фортепиано, так и на современном рояле, а также исполнял эти сонаты на своих концертах. «Самое важное в выступлении — найти контакт с публикой и донести до нее смысл произведения».

Бадура-Скода изучил сотни оригинальных рукописей и нотных изданий, которые хранятся в его архиве. Его исследования легли в основу многочисленных оригинальных нотных изданий, сочинений и книг об интерпретации произведений Баха и Моцарта. Он проявлял интерес к музыковедению еще в юном возрасте: «Еще в раннем возрасте я хотел узнать, как устроены ноты и как пишутся музыкальные произведения. Поэтому я изучил основы композиции и гармонии еще до того, как решил стать пианистом, — изначально я хотел стать инженером». 

На протяжении многих лет Бадура-Скода связан с инструментами Bösendorfer: еще ребенком он играл на рояле Bösendorfer. «Что мне нравится в инструментах Bösendorfer, так это певучее звучание и сбалансированность во всех регистрах. Баланс между реверберацией и оригинальным звуком поистине уникален». Пауль Бадура-Скода является обладателем «Кольца Bösendorfer» с 1978 года. До него эта награда была присуждена только одному человеку — Вильгельму Бакхаузу. Компания Bösendorfer награждает кольцом избранных пианистов, которые продолжают традиции венского музицирования.